Jurnal Gizi Klinik Indonesia terbit sejak Juli 2004 dengan frekuensi penerbitan empat bulan sekali hingga edisi bulan Maret 2011 (Volume 1-7), kemudian sejak edisi Juli 2011 (Volume 8) JGKI diterbitkan setiap tiga bulan.
Jurnal Gizi Klinik Indonesia diakui sebagai jurnal ilmiah nasional terakreditasi sejak tahun 2009 dengan riwayat akreditasi sebagai berikut:
1) Juli 2009 - Juli 2012, terakreditasi berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 83/DIKTI/Kep/2009 tanggal 6 Juli 2009
2) Juli 2012 - Juli 2017, terakreditasi berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 56/DIKTI/Kep/2012 tanggal 24 Juli 2012
3) April 2017 - April 2021, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan, Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi dengan Nomor: 30/E/KPT/2018 sebagai Terbitan Berkala Ilmiah Elektronik Terakreditasi (Sinta 2)
4) Januari 2021 (Vol 17 No 3) - Oktober 2025 (Vol 22 No 2), berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Riset, dan Teknologi dengan Nomor: 158/E/KPT/2021 sebagai Jurnal Ilmiah Terakreditasi (Sinta 2)
Sejak Januari 2016, Jurnal Gizi Klinik Indonesia sudah tersedia online dengan nomor ISSN 2502-4140 (Online) sehingga para penulis dan peneliti bisa lebih mudah mengakses hasil-hasil penelitian yang telah dipublikasikan di Jurnal Gizi Klinik Indonesia. Selain itu, pengiriman artikel penelitian ke Jurnal Gizi Klinik Indonesia hanya dapat dilakukan melalui sistem daring (online submission).
Jurnal Gizi Klinik Indonesia melakukan beberapa perbaikan pada layout naskah jurnal yaitu:
Sejak Volume 12 Nomor 1 Juli 2015 ada perbaikan judul sirahan sesuai dengan pedoman penulisan judul sirahan dan perubahan penulisan afiliasi penulis.
Sejak Volume 13 Nomor 1 Juli 2016 ada tambahan informasi nomor ISSN online pada judul sirahan yaitu ISSN 2502-4140 (Online) dan keterangan bahwa JGKI sudah tersedia online sejak Januari 2016, serta ada tambahan pernyataan konflik kepentingan di dalam naskah.
Sejak Volume 16 Nomor 1 Juli 2019 ada tambahan informasi nomor Digital Object Identifier (DOI) pada judul sirahan dan informasi cara sitasi pada bagian footer di bawah korespondensi, serta penulisan pada bagian metode dibagi menjadi tiga subbab yaitu desain dan subjek, pengumpulan dan pengukuran data, analisis data.
Jurnal Gizi Klinik Indonesia telah terindeks pada badan pengindeks nasional dan internasional yang meliputi: Directory of Open Access Journals (DOAJ) (Internasional), Crossref (Internasional), Google Scholar (Internasional), Dimensions (Internasional), Science and Technology Index (SINTA) (Nasional), Garba Rujukan Digital (Garuda) (Nasional), Indonesian Scientific Journal Database (ISJD) (Nasional), Indonesia One Search (Nasional) dan peer-reviewed database sitasi lain.
